Правозащитники считают, что в России оказываются преференции некоторым религиозным организациям, и тем самым ставится под вопрос светский характер государства. "Продолжают укрепляться формальные и неформальные преференции, которые получает Русская православная церковь, а также мусульманские и буддистские организации в соответствующих республиках", – говорится в докладе аналитического центра "Сова", посвященном проблемам свободы совести в России.

"Эти преференции сами по себе еще не ограничивают свободу совести граждан, но они ставят под вопрос секулярный характер российского общества и иногда даже российского государства", – отмечается в документе. "Именно такая ситуация вызывает опасения, так как механизмы защиты свободы совести тесно связаны с секулярным характером государства. Чаще всего в этой связи обсуждается проблема присутствия религии в школе, но не менее серьезна и ситуация, складывающаяся в армии и в правоохранительных органах", – считают авторы доклада. В центре "Сова" полагают, что больше всего проблем у религиозных организаций возникает не в связи с регистрацией по закону о неправительственных организациях, "хотя и здесь остаются нерешенные вопросы, а в связи с созданием и использованием богослужебных зданий и помещений". "В первую очередь проблемы возникают у мусульман, протестантов, особенно "пятидесятников" и новых религиозных движений. Похоже, что сопротивление чиновников обусловлено не реальной "агрессивной динамикой" этих религиозных течений, а распространенным в обществе преувеличенным страхом перед этой "экспансией", – говорится в докладе. Его авторы считают, что "у верующих нередко возникают и другие проблемы, чаще всего связанные либо с произволом чиновников, либо с неготовностью последних защитить свободу совести и равноправие граждан". "Все большее беспокойство вызывают злоупотребления в борьбе с экстремизмом и терроризмом. Жертвами этих злоупотреблений становятся в основном, но не исключительно, представители независимых мусульманских групп, пусть даже некоторые из них вполне правомерно привлекли внимание правоохранительных органов", – считают правозащитники. В своем докладе они отмечают необходимость общественной дискуссии по проблеме присутствия религии в школе, а для преодоления случаев дискриминации религиозных меньшинств они предлагают добиваться исполнения чиновниками действующего законодательства. Правозащитники также обеспокоены ростом в России числа актов вандализма с мотивом религиозной ненависти. "В течение 2006 года мы зафиксировали 25 актов вандализма с явным мотивом религиозной ненависти в отношении храмов и культовых сооружений и объектов – православных храмов, мечетей, синагог, молитвенных домов протестантов, языческого капища, буддистской мандалы", – говорится в докладе. По данным центра "Сова", в 2006 году произошло 24 случая вандализма на православных, мусульманских и иудейских кладбищах, когда были основания подозревать у вандалов мотив религиозной ненависти. Кроме того, восемь раз совершались акты вандализма по отношению к православным крестам, и один раз была осквернена триумфальная арка в честь причисленного к лику святых императора Николая II.